다주택자 종부세 합산배제 전략｜개인 vs 법인 절세비교

다주택자 종부세 부담이 크신가요? 올해부터 적용되는 합산배제 특례 제도, 어떻게 활용하면 유리할까요? 법인과 개인 중 어떤 방식이 더 유리한지도 함께 분석해드립니다. 2025년 최신 개정 기준을 기반으로 명확한 비교 전략을 안내드릴게요.

목차

1. 다주택자 종부세 합산배제 특례란 무엇인가요?
2. 개인 명의 보유 시 유리한 합산배제 활용법
3. 법인 명의 절세 전략과 실질 세부담 비교

다주택자 종부세 합산배제 특례란 무엇인가요?

다주택자에게 가장 부담스러운 세금 중 하나가 바로 종합부동산세입니다. 특히 2주택 이상 보유자에겐 합산 과세가 적용되어 세율이 크게 올라가고, 공제 혜택도 제한적이죠. 하지만 2022년부터 정부는 일부 주택에 대해 ‘합산배제’라는 예외 규정을 두기 시작했고, 2025년 현재까지 그 범위가 조금씩 넓어지고 있습니다.

그렇다면, 종부세 합산배제 특례란 무엇일까요? 쉽게 말해, 일정 요건을 충족한 주택은 다주택자라 하더라도 종부세 과세 대상에서 제외해주는 제도입니다. 이 제도를 잘 활용하면, 2주택자·3주택자라도 종부세를 1주택 수준으로 낮출 수 있습니다.

2025년 기준으로 합산배제 대상 주택의 대표적인 예는 다음과 같습니다.
① 장기 임대주택 (공공기관 등록, 임대의무기간 준수, 시가 6억원 이하 등 조건 충족 시)
② 사원용 주택 (직원 거주용, 일정 기준 면적 이하, 임대소득 발생 시 미적용)
③ 미분양 주택 (준공 후 일정 기간 미분양 상태로 보유한 주택, 한시적 적용)

즉, 세입자를 위한 주택이거나 실사용 목적이 분명한 경우에 한해 합산배제 특례가 인정되는 것입니다. 국세청 홈택스나 관할 세무서에 서류를 제출하면 신청할 수 있으며, 신청 기한은 매년 9월 16일부터 9월 30일까지로 정해져 있습니다(출처: 국세청 종합부동산세 업무편람, 2025년 개정판 기준). 혹시 이런 생각 해보신 적 있으신가요? “나는 임대주택 몇 채 등록했는데, 종부세는 왜 그대로 나올까?” 이런 경우 대부분은 요건 미충족 또는 신청 누락 때문입니다. 실제 현장에서는 서류 하나 빠져서 합산배제 누락되는 사례도 많습니다. 그래서 반드시 사전 요건 확인과 정확한 기한 내 신청이 중요합니다. 2025년 개정에서 특히 강조된 내용 중 하나는, 임대의무기간 위반 시 소급 과세가 된다는 점입니다. 즉, 올해 조건을 못 지키면 과거 2~3년간 감면받았던 종부세까지 모두 추징당할 수 있다는 의미입니다. 이건 실수로 보기엔 너무 큰 리스크죠.

합산배제 특례를 적극 활용하려면, 다음 조건을 꼭 체크해보세요.

• 임대사업자 등록 상태(말소 여부 포함)
• 대상 주택의 공시가격, 규모, 등록일
• 임대의무기간 충족 여부
• 실제 임대계약 여부와 임차인의 요건

이렇게 사전에 준비하고 점검해두면, 불필요한 과세를 막고 합법적인 절세 전략을 세울 수 있습니다. 특히 다주택자라면, 단순히 주택 수 줄이기보다는 합산배제 조건 충족을 통해 세금을 줄이는 방향도 고려해볼 수 있습니다.

Q. 합산배제 특례를 신청하면 바로 세금이 줄어드나요? A. 네, 국세청이 접수 후 요건을 심사해 합산 제외 결정이 내려지면 해당 주택은 과세표준 산정에서 제외되어 세금이 줄어듭니다.

Q. 조건을 충족했는데도 세금이 그대로 나온다면? A. 신청 누락이나 서류 오류가 있는지 확인하시고, 이의신청 기간(11월 중)에 정정 요청할 수 있습니다.

 

개인 명의 보유 시 유리한 합산배제 활용법

다주택자가 종부세 부담을 줄이기 위해 가장 먼저 떠올리는 방법 중 하나가 개인 명의 주택에 대한 합산배제 특례 활용입니다. “법인으로 돌릴까?” 고민하시기 전에, 개인 명의 조건에서도 절세가 가능하다는 점, 알고 계셨나요?개인 명의의 장점은 합산배제 인정 범위가 넓고, 요건이 상대적으로 명확하다는 점입니다. 특히 장기 임대주택 요건을 충족하면, 종부세 합산에서 제외되고 과세표준 자체가 낮아지는 구조로 이어집니다. 2025년 기준으로 개인이 등록한 임대주택이 합산배제 되려면 다음 조건을 충족해야 합니다.
① 2020년 7월 11일 이전 등록한 임대주택일 것
② 전용면적 85㎡ 이하 또는 60㎡ 이하 기준 충족
③ 기준시가 6억 원 이하(수도권 이외는 3억 원 이하)
④ 8년 또는 10년 이상 임대의무 충족
⑤ 임대차계약 신고 및 임대소득 신고 완료

이 중 한 가지라도 누락되면 합산배제가 불가능하다는 점, 특히 유의해야 합니다. 예를 들어, 임대등록은 했지만 임대차계약서를 신고하지 않은 경우에도 배제가 불가합니다. 이건 생각보다 자주 발생하는 실수예요.

또 하나 중요한 건 주택 수 계산 방식입니다. 종부세는 일반적으로 1세대 1주택자는 과세 표준에서 11억 원을 공제받지만, 2주택 이상 보유자는 공제가 대폭 줄어듭니다. 이때 합산배제 조건을 충족한 주택은 주택 수에서 빠지므로, 결과적으로 ‘실질적 1주택자’와 동일한 세금 혜택을 받을 수 있는 겁니다. 혹시 “임대등록 폐지됐는데 지금도 가능할까?” 고민되셨나요? 맞습니다. 현재는 신규 임대등록이 불가하지만, 2020년 7월 10일 이전에 등록한 주택은 유예 규정으로 인해 2025년까지도 합산배제가 적용됩니다. 단, 의무 임대 기간을 끝까지 지켜야 하며, 중간에 매도하거나 용도 변경 시 소급 과세가 발생합니다(출처: 국세청 종부세 합산배제 매뉴얼 2025년판). 개인 명의의 또 다른 전략은 부부 공동명의 활용입니다. 예를 들어, 고가 1주택의 경우 부부 공동명의로 등록하면 1인당 공제액을 적용받을 수 있어 종부세를 절반 수준으로 줄일 수 있습니다. 또한 배우자가 소득이 낮은 경우, 소득세나 재산세 부담도 분산되는 효과가 있습니다. 단, 공동명의는 주택 수 산정에서 두 명 모두 1주택자로 계산되기 때문에, 추후 다른 주택을 취득할 경우 주의가 필요합니다. 특히 상속·증여 등을 계획하고 있다면, 세무사와 사전 상담이 반드시 필요합니다. 요약하면, 개인 명의에서도 등록 시점과 임대의무 이행 여부만 잘 챙기면 종부세 합산배제의 효과를 충분히 누릴 수 있습니다. 단순히 명의를 나누거나 법인 전환을 고민하기 전에, 현재 명의 구조에서 최대한의 절세 구조를 짜보는 것이 먼저입니다.

Q. 지금은 임대사업자 등록이 막혔는데, 합산배제 신청 가능한가요? A. 네. 기존 등록자(2020년 7월 10일 이전 등록)는 여전히 대상이 될 수 있으며, 요건 충족 시 합산배제가 가능합니다.

Q. 공동명의로 전환하면 종부세 부담이 무조건 줄어드나요? A. 대부분 유리하지만, 상황에 따라 다릅니다. 특히 향후 주택 추가 취득이나 상속을 고려한다면 장단점 분석이 필요합니다.

 

법인 명의 절세 전략과 실질 세부담 비

다주택자 종부세 절세 전략에서 법인 명의 활용은 꾸준히 언급되어온 방법입니다. 특히 다수의 주택을 보유하고 있거나, 장기적으로 부동산을 매입·보유하려는 투자자라면 법인 설립을 고민해보셨을 겁니다. 그런데 2021년 이후 세법 개정으로 인해 법인의 세금 혜택은 많이 달라졌습니다. 과연 지금도 법인 명의가 유리할까요?2025년 현재 기준으로 법인이 주택을 보유할 경우, 종부세는 별도 과세됩니다. 즉, 1호당 기본 공제 없이 단일세율 6%를 적용받는 구조입니다. 개인이 1주택을 보유할 경우 공시가격 11억 원까지 공제가 되는 것과 비교하면 매우 불리해 보이죠. 하지만 법인의 장점은 종부세가 아닌 양도소득세, 소득분산, 증여·상속 유연성에서 찾을 수 있습니다. 예를 들어, 고가 주택을 매도할 경우 개인은 최대 45%의 양도세가 부과되지만, 법인은 법인세율(최대 22%)만 적용됩니다. 이 차이는 거래금액이 클수록 절세 효과가 커지죠. 또한, 가족 구성원을 법인의 주주로 포함시키면, 수익을 분산시킬 수 있어 종합소득세 부담도 완화됩니다. 실제로 임대사업을 가족 법인으로 전환해 연간 수천만 원의 세금을 줄이는 사례도 있습니다. 단점도 분명합니다. 법인은 주택 보유 시 임대소득에 대한 사업소득세, 종부세 6% 고정세율, 각종 부대 비용(법인설립비, 회계 처리비 등)이 발생합니다. 특히 합산배제 특례는 사실상 법인에 적용되지 않기 때문에, 주택 수가 많아질수록 종부세 부담이 개인보다 커질 수 있습니다. 이렇게 비교해 보시면 이해가 쉬우실 거예요.

• 개인 명의: 종부세 기본공제·합산배제 가능, 양도세율 높음
• 법인 명의: 종부세 불리, 양도세율 낮음, 수익 분산 가능

즉, 보유 위주의 전략이라면 개인, 매각 중심 또는 상속·증여 대비라면 법인이 유리할 수 있습니다. 2025년 현재 다주택자의 세부담 구조를 보면, 종부세 부담은 줄어드는 방향으로 개정되고 있지만, 법인의 경우 여전히 고세율 구조가 유지되고 있습니다. 단기 절세보다는 중장기 자산 운영 계획 속에서 법인 명의의 전략적 사용 여부를 결정하는 것이 바람직합니다.

Q. 법인 명의로 주택을 보유하면 종부세가 무조건 불리한가요? A. 기본적으로는 그렇지만, 양도차익이 크거나 수익 분산이 필요할 경우에는 전체 세부담이 줄어드는 효과를 얻을 수 있습니다.

Q. 법인 명의 주택에는 합산배제 특례가 적용되나요? A. 원칙적으로는 대부분의 특례가 개인 명의 중심으로 구성되어 있어 법인에는 적용되지 않습니다. 사업용 부동산으로 분류되면 일부 감면 가능성은 있으나 제한적입니다.